Nature et rôle des moteurs biotiques dans la construction des communautés microbiennes des fromages traditionnels (grands projets de séquençage France Génomique – 2017-2020)

Origine

Le projet MétaPDOcheese a été construit dans le cadre du RMT Fromages de Terroirs. Il est au croisement entre les besoins des filières d’outils de suivi des flores microbiennes durant la transformation et des questions académiques sur la diversité et la structuration des communautés microbiennes des fromages. Avant tout, le projet métaPDOcheese vise à initier l’utilisation des méthodes métagénomiques par les filières AOP.

Il se déroule en deux étapes. Dans un premier temps, il consiste à réaliser une analyse globale des flores présentes dans les laits et fromages AOP au moyen de métabarcoding. L’échantillonnage concerne les 44 fromages affinés AOP et comptabilise près de 440 laits et 1300 fromages. Ensuite, il privilégiera l’étude du génome de quelques espèces endogènes identifiées, afin d’étudier les mécanismes d’adaptation au contexte fromager en présence.

Ce projet a la particularité d’impliquer fortement les filières fromagères dans sa réalisation, permettant d’améliorer leur connaissance sur la flore de leurs produits et de favoriser leur appropriation des méthodes métagénomiques.

Objectifs

  • Montrer la diversité microbienne entretenue par la famille des fromages AOP.
  • Comprendre les tenants de la structuration des écosystèmes microbiens fromagers.

Résultats attendus

  • Liste des espèces microbiennes (levures et bactéries) présentes dans les laits et les fromages AOP.
  • Liens entre conditions de production et espèces présentes.
  • Mécanismes d’adaptation des souches endogènes au contexte fromager.

Actualités

Partenariat

Le projet est porté par l’INRA (GMPA, URRF, Micalis, MaIAGE) en collaboration avec le CNAOL et le RMT Fromages de Terroirs. Il est lauréat de l’appel à projet France Génomique et bénéficie de la collaboration du Génoscope et du soutien financier du CNIEL.

Toutes les filières fromagères AOP sont associées au projet.

En savoir plus

Télécharger la plaquette du projet MétaPDOcheese

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Consulter notre fiche de synthèse sur les méthodes de métagénomique appliquées aux fromages

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Contacts

Céline Delbès, INRA : celine.delbes@inra.fr

Françoise Irlinger, INRA : françoise.irlinger@inra.fr